ครูบาศรีวิชัยซึ่งเป็นคนร่างเล็กผอมบางผิวขาว ไม่ใช่คนแข็งแรง แม้ท่านจะไม่ต้องทำงานประเภทใช้แรงงาน แต่การที่ต้องนั่งคอยต้อนรับและให้พรแก่ผู้มาทำบุญกับท่านนั้น ท่านจะต้อง"นั่งหนัก(นั่งเป็นประธาน)"อยู่ตลอดทั้งวัน ด้วยเหตุนี้ท่านจึงอาพาธด้วยโรคริดสีดวงทวาร
ซึ่งสะสมมาแต่ครั้งการตระเวนก่อสร้างบูรณะวัดในเขตล้านนา และการอาพาธได้กำเริบ ขณะที่สร้างสะพานข้ามแม่น้ำปิงครูบาศรีวิชัยถึงแก่มรณภาพเมื่อวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ.2481 ทีี่วัดบ้างปาง อำเภอลี้ จังหวัดลำพูน สิริอายุได้ 59 ปี 9 เดือน 11 วัน
สรีระสังขารของครูบาเจ้าฯไดนำไป้ตั้งไว้ที่วัดบ้านปางเป็นเวลา 1 ปี จึงได้เคลื่อนสรีระสังขารมาตั้งไว้ ณ วัดจามเทวี อำเภอเมืองลำพูน จังหวัดลำพูน
กระทั่งวันที่ 21 มีนาคม พ.ศ. 2489 จึงได้รับพระราชทานเพลิง โดยมีประชาชนมาร่วมในพิธีพระราชทานเพลิงสรีระสังขารของท่านครูบาเจ้าฯจำนวนมาก และประชาชนเหล่านั้นได้เข้าแย่งชิงอัฐิธาตุของครูบาศรีวิชัย ตั้งแต่ไฟยังไม่มอดสนิท แม้แต่แผ่นดินตรงที่ถวายพระเพลิง ก็ยังมีผู้ขุดเอาไปสักการบูชา
อัฐิธาตุของท่านครูบาที่เจ้าหน้าที่สามารถรวบรวมได้ ถูกแบ่งออกเป็น 7 ส่วน และแบ่งไปบรรจุตามสถานที่ต่าง ๆ ทั่วแผ่นดินล้านนาดังนี้
ส่วนที่ 1 บรรจุที่ วัดจามเทวี จ.ลำพูน
ส่วนที่ 2 บรรจุที่ วัดสวนดอก จ.เชียงใหม่
ส่วนที่ 3 บรรจุที่ วัดพระแก้วดอนเต้า จ.ลำปาง
ส่วนที่ 4 บรรจุที่ วัดศรีโคมคำ จ.พะเยา
ส่วนที่ 5 บรรจุที่ วัดพระธาตุช่อแฮ จ.แพร่
ส่วนที่ 6 บรรจุที่ วัดน้ำออกรู จ.แม่ฮ่องสอน
ส่วนที่ 7 บรรจุที่ วัดบ้านปาง อำเภอลี้ จ.ลำพูน
คำอธิบายรูป
โกฏิพระราชทาน งานพระราชทานเพลิงพระศพครูบาศรีวิชัย ณ.วัดจามเทวี อัญเชิญเพลิงพระราชทานโดย พลตรีพระยาพหลพยุหเสนา นายกรัฐมนตรีในสมัยนั้น
ถ่ายภาพ ณ.วัดจามเทวี เมื่อครั้งเริ่มลงมือสร้างสะพานข้ามแม่น้ำปิง ระหว่างเชียงใหม่กับลำพูน และท่านก็อาพาธ จึงมารักษาตัวที่วัดจามเทวี
เมรุพระราชทานเพลิงศพ ครูบาศรีวิชัย ที่วัดจามเทวี จังหวัดลำพูน
ซอครูบาศรีวิชัยตอนสร้างวัด และมรณะภาพ
